درسال 1363 این مجموعه با نام مرکز تحقیقات علوم هوایی و دریایی برای طراحی و ساخت شناورهای زیرسطحی درمحل دانشگاه صنعتی اصفهان ایجاد گردید. درمهرماه سال 1371 با تصویب وزارت علوم ، تحقیقات و فناوری ، نام این مرکز به پژوهشکده علوم و تکنولوژی زیردریا تغییریافت.
این پژوهشکده دارای بیش از 5000 مترمربع زیربنا و شامل فضاهای پژوهشی، کارگاهی و آزمایشگاهی مجزا می باشد. این مرکز دارای گروه های پژوهشی برق و ناوبری ، سازه و مواد، هیدرودینامیک و امکانات پشتیبانی قابل توجهی بوده و با استفاده از کادر تخصصی مجرب خود در امر پژوهش های منجربه تولید فناوری های پیشرفته و ساخت تجهیزات دریایی و زیردریایی فعالیت می نماید.
پژوهشكده زير دريا داراي سه گروه پژوهشي مكانيك ، برق و سازه ( و مواد )بوده و ماموريت اصلي آن انجام پژوهش ها و طرح هاي كاربردي در حوزه مهندسي دريا است. از حوزه هاي اصلي كاري در پژوهشكده به مواردي نظير هيدروديناميك ، ديناميك و كنترل ، آزمونهاي تجربي شناورهاي سطحي و زير سطحي ، طراحي و ساخت سيستم هاي اندازه گيري مشخصه هاي دريايي، موج نگاري از روش هاي مختلف ،طراحي انواع رباتهاي زير آب ، سيستم هاي تعيين موقعيت ديناميكي ، استحصال انر‍ژي از دريا و موضوعاتي نظير خوردگي و حفاظت كاتديك در دريا اشاره كرد.
این پژوهشکده با استفاده از کادر تخصصی مجرب خود در راستای تحقق به اهداف ذیل قدم بر میدارد :
1-انجام طرح هاي تقاضا محور و كاربردي در حوزه مهندسي دريا
2- ايجاد و توسعه فناوري هاي با درجه آمادگي زياد فناوري
3-انجام طرح هاي كلان بين رشته اي
4-افزايش شاخص هاي علمي و پژوهشي دانشگاه از طريق ارتباط با ساختارهاي آموزشي دانشگاه ، تربيت محقق و دانشجويان تحصيلات تكميلي
به منظور دستیابی به اهداف عالیه گفته شده، گروه های پژوهشی برحسب نوع نیاز دربخش های مختلف پژوهشکده مشغول به فعالیت هستند:
